我们知道生物信息学在科研领域有着重要的应用，尤其是在发表SCI论文方面。生物信息学不仅能够帮助我们发表论文，还可以用于职称评定和基金申请。不同于传统的综述和元分析，生物信息学更多的是基于原始数据进行分析，这些原始数据可以来自自测数据，也可以来自公共数据库。简而言之，就是“借用他人的数据，撰写自己的论文”。

因此，生物信息学的数据挖掘成为继元分析之后的另一热门研究方法。然而，在庞大的生物信息学数据库中，真正有价值的有用数据却相对有限。如何在这海量数据中找到有价值的信息，成为了生物信息学数据挖掘的第一步，同时也是最具挑战性的一步。

目前，许多数据库的操作方法并不统一，代码也不具备可重复使用性，甚至有些网站根本无法访问。更棘手的是，很多数据库的具体用途我们并不清楚。为此，我们特别整理了四个专注于肿瘤研究的数据库，详细指导大家如何进行生物信息学数据挖掘。

CancerSEA

CancerSEA（癌症单细胞状态图谱）是首个专门针对单细胞测序的数据库，旨在全面研究癌细胞在单细胞层面的不同功能状态。

网址：http://biocc.hrbmu.edu.cn/CancerSEA/

CancerSEA数据库的数据来源于SRA、GEO和ArrayExpress网站上的72个数据集，共计收录了25种癌症类型的41900个肿瘤细胞。其功能分析结果则来源于HCMDB、Cyclebase和StemMapper等数据集，共重新定义了14种功能状态。

通过对这些单细胞进行功能状态注释，研究人员可以使用CancerSEA数据库进行“基因搜索”、“状态搜索”、“浏览状态图谱”、“浏览数据集信息”和“下载”等操作。

COSMIC

COSMIC（癌症体细胞突变数据库）是关于癌症相关体细胞突变的最大数据库之一。

网址：https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/

COSMIC数据库包含了数千个涉及癌症发展的体细胞突变。数据主要来自两部分：一是从文献中收集已知癌症基因的突变；二是从癌症基因组计划进行的全基因组重测序研究中收集的数据。

用户可以通过输入特定的基因或蛋白质名称来查找具体记录。

MEXPRESS

MEXPRESS 是一个可视化工具，用于展示TCGA数据库中的患者临床信息、甲基化和基因表达之间的关系。

网址：https://mexpress.be/

使用MEXPRESS非常简便，只需输入基因名称并选择研究的肿瘤类型即可。与其他工具如cBioPortal、Xena和TSVdb相比，MEXPRESS的独特之处在于它可以同时查询DNA甲基化数据、基因组位置以及临床信息，并且提供了相关性和校正p值。

miRWalk3.0

miRWalk 是一个综合性的小分子RNA（miRNA）靶基因数据库，收录了人类、小鼠等多种物种的miRNA靶基因信息。它类似于mirDIP，是一个整合型数据库，整合了来自miRDB、TargetScan、miRTarBase等数据库的信息。

网址：http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

miRWalk涵盖了多个知名miRNA数据库的结果，包括预测的和实验验证过的。它使用了流行的TarPmiR算法来预测miRNA的结合位点。用户可以进行单个或多个miRNA或mRNA的搜索，并获得图表及富集分析结果。此外，数据可以全部下载，非常适合研究感兴趣的miRNA的靶基因或mRNA的结合miRNA。

资源领取方式

想要获取更多关于这些数据库的资源和教程，请在后台私信“肿瘤研究”获取。